Durant les 51 jours de siège qui suivirent, les Davidiens demeurèrent retranchés à l'intérieur de la résidence, à l'exception de quelques-uns qui sortirent et se rendirent aux autorités. 25 négociateurs du FBI restèrent successivement en contact avec Koresh par téléphone. L'équipe était dirigée par Richard Rogers, un agent qui avait pourtant été sévèrement critiqué pour son attitude à l'assaut de Ruby Ridge. David Koresh argumentait son repli par le fait qu'il serait abattu s'il sortait alors qu'il devait terminer son travail en cours, le commentaire d'un texte biblique : les sept sceaux de l'Apocalypse. Le dialogue surréaliste entre Koresh et les négociateurs (qui n'étaient pas formés pour comprendre le langage utilisé par le leader), conduisit à de nombreuses méprises et irritations. Les agents n'étaient pas plus préparés à la détermination des membres du groupe à ne pas céder. Koresh prétendait avoir demandé à ceux qui voulaient sortir de quitter la résidence (ce que certains ont fait) et que ceux qui étaient restés l'avaient fait de leur plein gré. Les négociateurs ont accepté au début l'idée que Koresh termine son commentaire écrit, mais les négociations ont dégénéré ensuite. Le siège a rapidement provoqué la frustration des deux côtés. Dans un premier temps, Koresh fut autorisé à diffuser un message à la radio, afin de l'inciter à une reddition pacifique. Mais après le message, Koresh déclara que « Dieu lui avait demandé de rester, et d'attendre ». Cependant, dans le même temps, les négociateurs parvinrent à faire sortir 19 enfants de moins de 12 ans, sans leurs parents. Le neuvième jour, les Davidiens produisirent une bande vidéo qui tentait de démontrer que personne n'était retenu en otage à l'intérieur du bâtiment. La bande montrait les 21 enfants qui étaient encore dans la résidence. Mais la vidéo ne fut montrée au public que beaucoup plus tard après la fin du siège, les agents jugeant qu'elle « attirerait la sympathie du public » si elle était montrée à ce stade de l'assaut. Les agents du FBI, dont certains étaient partagés sur la méthode à employer, décidèrent de harceler les occupants de la résidence, jour et nuit, par de fausses charges de char d'assaut, par des sons stridents et des lumières permanentes qui devaient empêcher tout le monde de fermer l'œil à l'intérieur du bâtiment. Plus tard dans le déroulement de l'événement, l'électricité et l'eau furent également coupées. À ce stade, Koresh demanda à 11 membres du groupe de quitter le bâtiment. Plusieurs universitaires, spécialisés dans les questions religieuses et bibliques, tentèrent d'alerter les forces de l'ordre en leur indiquant que leur assaut ne pourrait que conforter Koresh et ses disciples dans leur vision apocalyptique et faire d'eux des martyrs. Cette erreur d'appréciation semble avoir été une cause centrale de la dérive de l'assaut.
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Le second assaut :
Char abattant le mur et le toit du gymnase Après 51 jours, le FBI prétendit alors qu'il avait l'assurance que le groupe allait commettre un suicide collectif. Le procureur général, Janet Reno, approuva alors l'idée d'un assaut final. Des gaz lacrymogènes furent alors insufflés dans le bâtiment par des chars qui percèrent des trous directement dans les murs (effondrant quelques façades fragiles au passage). L'utilisation de ces gaz a été critiquée par la suite, puisqu'elle condamnait les jeunes enfants à une mort immédiate, alors que les adultes pouvaient les supporter pendant quelques minutes. Personne ne sortit, les occupants ayant trouvé un lieu de repli dans la résidence (dans un bunker/garde manger où les corps furent retrouvés ensuite). À 12h07, les premières flammes visibles apparurent sur le bâtiment. À 12h55 le brasier avait consumé la totalité du bâtiment. Le FBI défend la thèse que les Davidiens se sont suicidés en versant de l'essence dans le bâtiment. Les quelques Davidiens survivants et d'autres témoins disent que ce sont les gaz qui ont mis le feu à l'intérieur, simplement parce que les occupants n'ayant plus d'électricité, les lampes à pétroles auraient été renversées par les chars et auraient mis le feu au bâtiment alors que tous les membres étaient regroupés dans la chambre froide au centre de la résidence. D'autres témoins parlent de missiles incendiaires envoyés sur le bâtiment. Cette thèse a fait couler beaucoup d'encre, d'autant plus qu'il fut prouvé que de telles armes avaient effectivement été utilisées26, sans démontrer cependant qu'elles avaient bien déclenché l'incendie général. À 15h45, la mort de David Koresh est confirmée (certaines photos montrent un impact de balle dans le crâne).
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Le bilan :
86 morts, incluant les agents de l'ATF, 20 blessés, 9 Davidiens survivants condamnés pour possession illégale d'armes. Plusieurs des Davidiens innocentés et les familles des morts ont porté plainte contre le gouvernement des États-Unis et autres organes officiels. Ils furent déboutés. L'ATF a cependant été sévèrement critiqué à la suite de l'assaut, à la fois sur le contenu du mandat de perquisition et d'arrêt (le 13 juillet 1995, le Treasury department a fait connaître la liste des armes détenues par les Davidiens, aucune n'était une arme automatique, l'accusation à l'origine de l'assaut) et sur les méthodes (en particulier l'utilisation d'hélicoptères qui, selon la législation américaine, ne peuvent être utilisés qu'en cas de guerre ou de trafic de drogue, ce qui n'était pas le cas de cette affaire, ainsi que plusieurs mensonges sur les types d'armes utilisés pendant l'assaut qui ont conduit à des condamnations parmi les forces de l'ordre). Le fait que le FBI ait fait raser les restes du bâtiment le 12 mai 1993, soit moins d'un mois après l'assaut final, a été également critiqué comme un acte qui pourrait être considéré comme suspect de la part des autorités avant qu'une enquête puisse être conduite sur les lieux. La question « qui a tiré en premier ? » reste ouverte depuis des années, puisqu'aucune des enquêtes, contradictoires selon ceux qui les menaient, n'ont pu déterminer précisément ce qui s'est passé ce jour-là, d'autant plus que les médias avaient été tenus à distance. Malgré les controverses qui n'ont pas cessé jusqu'à ce jour, il semble clair qu'au moins un certain nombre des Davidiens ont répondu aux tirs de l'ATF et se seraient défendus contre le FBI lors de l'assaut final. Il semble également que les multiples erreurs tactiques, psychologiques et la pression que subissaient les forces de l'ordre aient joué une large part dans la fin tragique de ce qui devait être une simple perquisition au départ. L'autopsie des corps retrouvés dans la résidence a ouvert un nouveau débat, car elle démontra que plusieurs enfants étaient bien morts à cause des gaz lacrymogènes, plusieurs adultes étaient morts de balles dans la tête, et d'autres avaient eu le crâne fracassé. Qui avait commis ces crimes ? Une escouade de forces d'intervention est entrée dans le bâtiment pendant l'incendie et en est ressortie ensuite. Des images de cet assaut non officiel montrent que des échanges de tirs auraient eu lieu à ce moment-là. Certains Davidiens soutiennent que ce groupe avait été envoyé pour abattre Koresh et ses proches collaborateurs. La présence de deux officiers de la Delta Force auprès de Janet Reno lors de l'étude des plans d'assaut a jeté un trouble, de même que la présence de membres du Special Air Service britannique au siège de Waco mais on ignore toujours le rôle exact qu'il a joué.
